Письмо Минфина РФ от 7 июня 2012 г. N  03–04–06/3–157 «О налогообложении НДФЛ доходов в виде действительной стоимости доли в уставном капитале общества, выплачиваемых при выходе участника из общества»

При выходе участника из ООО выплаченная ему действительная стоимость доли облагается НДФЛ на общих основаниях с полной суммы полученного дохода.
Денежные средства, полученные обществом, применяющим УСН, от продажи части здания, приходящуюся на долю выбывшего участника, учитываются в составе доходов ООО, если стоимость переданного имущества превышает первоначальный взнос, то возникшая разница облагается в рамках УСН.

А вот если в пределах его первоначального взноса, у общества при УСН не возникает дохода.